实验室与基地管理处成立于2011年3月，正处级建制。下设两个科室：实验室安全管理科、基地管理科。

实验室与基地处职能主要分为三大板块。（1）实验室管理方面：各级实验中心建设与管理、教学科研仪器设备维修审批、大型仪器设备开放共享建设与管理，协助实验室队伍建设等；（2）实验室安全管理：实验室安全与环保监管、危险化学品库建设与管理等；（3）基地建设管理方面：各级基地统筹管理等。